Риза хазрат родился в семье имама. Серьезное обучение Ризаитдина началось с 1867 года в медресе при первой мечети города Чистополя. В те годы его наставником был шейх Закир – ишан Камалов. В ученические годы им была собрана рукописная библиотека из сочинений мыслителей Древнего Востока. Владея арабским, персидским, и турецким языками, Ризаитдин начал преподавательскую деятельность (80-е гг. ХIХ века) в среде младших учащихся медресе. Для их обучения Ризаитдин Фахретдин составил учебники математики и татарского языка, изданные в 1886-1887 гг. В том же 1887 году в Казани опубликована «Книга по морфологии» («Китабе эттэсриф») - произведение Ризаитдина Фахретдинова, знакомящая читателя с грамматикой арабского языка. Позже на гонорар от продажи одной из своих книг Ризаитдину удалось построить здание и открыть новометодную школу. В годы учебы Ризаитдин Фахретдин много и прилежно занимался. Сохранилось 10 томов рукописей, переписанных им в разные годы.
«В 1887 году он успешно выдерживает испытания на должность имама. Слава о молодом талантливом наставнике из Кичучата разлетелась по всему краю. В июле 1889 г. общество деревни Ильбак Бугульминского уезда пригласило Р. Фахретдинова на должность местного имама и мударриса». В мечети этого селения Ризаитдин служил по февраль 1891 г. М. Роднов отмечает беспрецедентный случай и даже для нашего времени, когда, будучи рядовым деревенским муллой, Ризаитдин Фахретдин написал несколько книг.
В своих сочинениях, Ризаитдин Фахретдин особое внимание уделяет вопросам нравственности и морали. Необычайной популярностью среди читателей пользовались книги о воспитании. Они неоднократно переиздавались в 1898-1916 гг. в Казани, Уфе, Оренбурге в серии традиционного жанра "Насихат" ("Наставление"). Отдельные выпуски содержали обращение детям, а именно к мальчику и девочке; к взрослым членам семьи "Воспитанный отец", "Воспитанная мать", "Воспитанная женщина"; изложения по проблемам в семье и школе «Воспитание ребенка», "Новометодная школа", "Убеждение", и др. Риза пишет: «Труд матерей самый тяжелый и кропотливый. Если хвалимы садовники, вырастившие яблоневые, апельсиновые, лимоновые сады, то хвалимы и матери, воспитавшие и вырастившие хороших детей»8. В работе «Культура ученичества» Риза говорит о знании как о благословенном украшении каждого человека и лучшем из достоинств. «Знание - причина избавления от любых трудностей. Знание - это сокровище, которое никогда не заканчивается. Знание - это свет, который в этом мире спасает от слепоты, а в том мире - от мучений. Знание - друг в одиночестве, разделяющий секреты на чужбине, украшение перед друзьями, острое оружие против врагов. Желания получающего знания будут сами идти к исполнению и внезапно воплощаться в реальность. Знание - это такое благо, получив которое человек не будет нуждаться в других благах». Ризаитдин Фахретдинов является крупным религиозным деятелем и публицистом. Им написаны повести «Салима, или Целомудрие» (1889), «Асма, или Проступок и наказание» (1903), в которых он выступает сторонником приобщения своего народа к достижениям европейской культуры, поднимает проблему эмансипации женщины.
В 1891 году Ризаитдина Фахретдина, известного своими трудами, приглашают на должность казыя в Духовное управление. Исследователь Р.Марданшин пишет о том, что Фахретдин увидев множество рукописей, лежавших "мертвым грузом" в архиве ДУМ, загорелся собственными изысканиями. Вспоминая этот случай, он говорил, смеясь: «Если кто-нибудь понаблюдает за мной со стороны, то скажет: что за богатство ищет в архиве Риза кадий... Однако для меня узнать верные даты рождения или смерти трех-четырех ученых дороже, чем ведро золота».
В 1906 году Р. Фахретдинов переезжает в Оренбург. Работа в издательстве газеты «Вакыт» (1906-1908) увлекает Ризаитдина, но по воспоминаниям Джамала Валидова, шумная, беспокойная среда газетчиков, живущих злободневностью и одним днем, тяготила уже седого и спокойного по натуре ученого, – «нужен был тихий уголок, чтобы отдаться более серьезной и творческой работе».
В период с 1908 по 1918 г. Ризаитдин возглавляет редакцию журнала «Шура». Почти в каждом номере под рубрикой «Замечательные люди и великие события» публикуются биографические сведения о видных деятелях культуры и науки насчитывающий список из 170 (179) фамилий среди которых Газали, Ибн Рушд, Декарт, Мечников и др. Многие из этих очерков опубликованы позже отдельными книгами. В материалах журнала публиковались программы предметов новометодных учебных заведений, учебные планы. Главное историческое произведение Фахретдинова - многотомный историко-биографический труд "Асар" ("Сочинения"). Изданные в Оренбурге первые 2 тома (1900-1908) содержат около 1 тысячи жизнеописаний деятелей мусульманской культуры. Рукопись последних томов считается пропавшей. Она была изъята полицией при обыске в доме Фахретдинова в 1911 году. В числе запрещенных изданий Фахретдинова книга - "Дини вэ иджтимагый мэсьэлэлэр" ("Религиозные и социальные проблемы". - Оренбург, 1914), изъятая властями по доносу. Эти факты еще одно свидетельство глубины знаний Фахретдинова, его чувствование и детальный анализ культурно-политических перемен, происходивших в России и на ее окраинах.
Произведения Ризаитдина Фахретдина содержат религиозно-просветительские идеи, оказавшие большое влияние на последовавшие изменения в социальной жизни тюркских народов". «Нации, достойные жить на свете» - пишет Ризаитдин: «Обязаны иметь самостоятельное, суверенное мышление и мировоззрение, прогрессировать соответственно изменениям и прогрессу эпохи… Народы пришли в мир не стоять на жизненном пути, а пришли, чтобы идти неустанно вперед и стремиться ввысь".
Главный труд Фахретдинова в сфере богословия – «Религиозные и социальные вопросы». В нем излагаются основные положения ислама. Другое значительное богословское сочинение – «Комментарий на изречения Мухаммеда». Труд, раскрывающий этические нормы «Джауа-мигуль кэлим шэрхе» (Комментарии к изречениям пророка). - Оренбург, 1916) - произведение Фахретдинова, послужившее итогом педагогических изысканий мыслителя.
Книга была изучена и переписана (кириллица) в 1980-1986 гг. М. Рахимкуловой с переводом арабских слов, а с 1986 г. была подготовлена к печати Р. Утябаевым-Карими. Литературная и публицистическая деятельность Фахретдинова способствовала формированию широкого круга читателей-мусульман и их ориентации на проблемы традиционной и современной культуры.
В декабре 1917 года Ризаитдин участвовал в работе III Всебашкирского учредительного курултая (съезда).
С научной деятельности Ризаитдина Фахретдинова начинается новый этап в развитии общественной мысли Башкортостана. Этот период с полным на то основанием может быть назван эпохой просвещения. Из Оренбурга в Уфу Фахретдинов вернулся в 1918 году, после закрытия журнала «Шура».
В феврале 1918 г., подчиняясь решению Всероссийского съезда (Москва), Ризаитдин вновь принял должность кадия в Уфе. С 1922 года Фахретдинова избирают муфтием Центрального Духовного управления мусульман Внутренней России и Сибири. Фахретдинов был серьезно озабочен проблемой сохранения и спасения архива Духовного собрания мусульман в Уфе, начав работу по систематизации и изучению его исторических документов. Хайруллин А. пишет, что Ризаитдин Фахретдин сотрудничал с известным политическим деятелем и религиозным реформатором Д.Афгани, академиком Самойловичем, учеными Бартольдом и Крачковским.
С избранием Фахретдинова муфтием и руководителем Духовного управления, он ходатайствует перед Народным комиссариатом по делам национальностей об издании религиозного журнала. В 1924 году Ризаитдину Фахретдину наконец-то удается получить разрешение на его издание. Журнал публикует статьи Фахретдинова, Тарджиманова, казыя Джахангира Абызгильдина, Мухлисы Бубинской; богословские сочинения; суры Корана, информационные материалы.
В 1927 году ЦДУМ объединил около 14 825 приходов. Но уже к маю 1930 года более 10 000 мечетей было закрыто, 90-97 % мулл и муэдзинов были лишены возможности исполнять свои обязанности. Фахретдинов не мог не протестовать против таких решений. Несмотря на аресты, закрытие мечетей, и уничтожения религиозной литературы Ризаитдину Фахретдину удалось спасти часть документов в архиве ЦДУМ.
Татарский ученый А. Хайруллин пишет, что последние годы жизни для Р.Фахретдина прошли в тяжелых материальных условиях. К нему несколько раз обращались с предложением из Венской академии наук о продаже, за огромные деньги, личного архива, но Ризаитдин Фахретдин отказывался. Большую часть сохранившихся рукописей по просьбе известного востоковеда, академика А.Н. Самойловича Ризаитдин передаст в архив Ленинградского отделения востоковедения Академии наук СССР.
Скончался Ризаитдин Фахретдинов 11 апреля 1936 года на 78-м году жизни. После его смерти начались массовые аресты руководства Духовного управления. Хабутдинов А. К. так описывает те скорбные события: «Тысячи мусульман, узнав о смерти Фахретдина, собрались тайно ночью в его родном ауле для прочтения «джаназа» (поминальной молитвы) по усопшему»12.
